利用某種化學藥品與膜面有害物質進行化學或溶解作用來達到清洗的目的。選擇化學藥品的原則，一是不能與膜及其他組件材質發生任何化學反應或溶解作用，二是不能因為使用化學藥品而引起二次污染。
①酸洗法：常用的酸有鹽酸、草酸、檸檬酸等。配制后溶液的PH值因材質類型而定。例如CA膜清洗液PH=3～4，其他PS、SPS、PAN、PVDF等膜PH=1～2。利用水泵循環操作或者浸泡0.5～1h，對去除無機雜質效果好；
②堿洗法：常用的堿主要有氫氧化鈉、氫氧化鉀和碳酸鈉等。配制堿溶液的PH 值也因膜材質類型而定，除CA膜要求PH=8左右以外，其他耐腐蝕PH=12，同樣利用水泵循環操作或者浸泡0.5～1h，對去除有機雜質及油脂有效；
③氧化性清洗劑：利用500～1000mg/LNaClO 水溶液清洗超濾膜，既去除了污垢，又殺滅了細菌。NaClO是目前常用的殺菌劑。
常規清洗步驟如下，可資參考。
（1）先用清水沖洗整個超濾系統。水溫最好采用膜組件所能承受的較高溫度。
（2）選用合適的清洗劑進行循環清洗。清洗劑中可含EDTA或六偏磷酸鹽之類的絡合劑。
（3）用清水沖洗，去除清洗劑。
（4）在規定條件下校核膜的透水通量。如未能達到預期數值時，重復第二步、第三步清洗過程。
（5）用0.5％的甲醛水溶液進行消毒貯存。
化學清洗程序建議如下:
1）、依據：
根據水質設定時間或者TMP達到設定值時進行化學清洗
2）、藥劑及濃度見下表：
化學藥劑 | 濃度 |
1、氫氧化鈉+次氯酸鈉 | PH=12；次氯酸鈉（有效氯）100~200PPM |
2、檸檬酸或鹽酸 | 檸檬酸濃度1~2%（wt）、鹽酸PH=2 |
3）、程序：
清洗程序為殺菌、酸洗、漂洗
4）、注意事項：
a. 清洗藥液的溫度對于清洗效果有著直接的影響，一般情況下控制清洗藥液的溫度為35℃，如果冬天達不到要求需要適當延長化學清洗的時間
b. 在殺菌和酸洗之間需要進行漂洗，可以采用正沖或者反洗的方式將化學清洗下來的污染物及藥劑沖洗干凈達到中性
c. 我們推薦采用先殺菌后酸洗的次序進行清洗，但是需要根據實際的清洗效果進行調整，即如果在實際運行過程中發現先進行酸洗的效果較好的話，那么可以根據實際情況進行變更
d. 在清洗的過程中可以適當考慮打開產水排放門數分鐘，保證藥液通過膜絲到達產水側然后關閉產水側排放門，這樣可以適當清除掉產水側和膜絲內部的污染物
